جعفر بن سليمان أتوه بابن عجلان فكلمه جعفر كلاماً شديداً وقال: خرجت مع الكذاب وأمر بقطع يده. فلم ينطق إلا أنه حرك شفتيه، فقام من حضر من العلماء فقالوا: أصلح الله الأمير، إن ابن عجلان فقيه المدينة وعابدها، وإنما شبه عليه وظن أنه المهدي الذي جاءت فيه الرواية، ولم يزالوا يرغبون إليه حتى تركه.
ولزم عبيد الله بن عمر ضيعة له واعتزل فيها، وخرج أخواه عبد الله، وأبو بكر مع محمد بن عبد الله ولم يقتلا، عفا عنهما المنصور. واختفى جعفر الصادق وذهب إلى مال له بالفرع معتزلاً للفتنة رحمه الله، ثم إن محمداً استعمل عماله على المدينة ولم يتخلف عنه من الوجوه إلا نفر، منهم الضحاك بن عثمان، وعبد الله بن منذر الحزاميان، وخبيب بن ثابت بن عبد الله بن الزبير.
قال سعد بن عبد الحميد بن جعفر: أخبرني غير واحد أن مالكاً استفتي في الخروج مع محمد وقيل له: إن في أعناقنا بيعة للمنصور، فقال: إنما بايعتم مكرهين وليس على مكره يمين، فأسرع الناس إلى محمد ولزم مالك بيته.
قال أبو داود السجستاني: كان سفيان الثوري يتكلم في عبد الحميد بن جعفر لخروجه مع محمد ويقول: إن مر بك المهدي وأنت في البيت فلا تخرج إليه حتى يجتمع عليه الناس. وذكر سفيان صفين فقال: ما أدري أخطأوا أم أصابوا.
وقيل: أرسل محمد إلى إسماعيل بن عبد الله بن جعفر بن أبي طالب وقد شاخ ليبايعه فقال: يا ابن أخي، أنت والله مقتول، كيف أبايعك؟ فارتدع الناس عنه قليلاً، فأتته حمادة بنت معاوية بن عبد الله فقالت: يا عم، إن إخوتي قد أسرعوا إلى ابن خالهم فلا تثبط عنه الناس فتقتل ابن خالي وإخوتي، فأبى إلا أن ينهى عنه، فيقال: إنها قتلته، فأراد محمد الصلاة عليه، فقال ابنه عبد الله: تقتل أبي وتصلي عليه؟ فنحاه الحرس وصلى محمد. ثم إنه استعمل على مكة الحسن بن معاوية بن عبد الله بن جعفر، وعلى اليمن القاسم بن إسحاق، فقتل القاسم قبل أن يصل إليها، واستعمل