وروى محمد بن زيد قال: دعا عيسى عشرة من آل أبي طالب منهم القاسم بن حسن بن زيد بن حسن بن علي، قال: فجئنا سوق الحطابين، فدعوناهم فسبونا ورشقونا بالنبل، وقالوا: هذا ابن رسول الله - صلى الله عليه وسلم - معنا ونحن معه، فقال لهم القاسم: وأنا ابن رسول الله، وأكثر من ترون معي بنو رسول الله، ونحن ندعوكم إلى كتاب الله وحقن دمائكم، ورجعنا، فأرسل عيسى حميد بن قحطبة في مائة. وجعل محمد ستور المسجد دراريع لأصحابه، وكان مع الأفطس علم أصفر فيه صورة حية.
وقال عبد الحميد بن جعفر: كنا يومئذ مع محمد بن علي عدة أصحاب بدر، ثم لقينا عيسى فتبارز جماعة.
وعن مسعود الرحال قال: شهدت مقتل محمد بالمدينة، فإني لأنظر إليهم عند أحجار الزيت، وأنا مشرف من سلع، إذ نظرت إلى رجل من أصحاب عيسى قد أقبل على فرس فدعا إلى البراز، فخرج إليه راجل عليه قباء أبيض، فنزل إليه الفارس، فقتله الراجل ورجع، ثم برز آخر من أصحاب عيسى، فبرز له ذلك الرجل، فقتله، ثم برز ثالث فقتله، فاعتوره أصحاب عيسى يرمونه، فأثبتوه، فأسرع فما وصل إلى أصحابه حتى خر صريعاً، ودام القتال من بكرة إلى العصر، وطم أصحاب عيسى الخندق، وجازت الخيل، وذهب محمد يومئذ قبل الظهر، فاغتسل وتحنط، ثم جاء. قال عبد الله بن جعفر، فقلت له: بأبي أنت وأمي، ما لك بما ترى طاقة، فاخرج تلحق بالحسن بن معاوية بمكة، فإن معه جل أصحابك، فقال: لو رحت لقتل هؤلاء، فوالله لا أرجع حتى أقتل أو أقتل، وأنت مني في سعة فاذهب حيث شئت.
وقال إبراهيم بن محمد: رأيت محمداً عليه جبة ممشقة، وهو على برذون، وابن خضير يناشده الله إلا مضى إلى البصرة، ومحمد يقول: والله لا تبلون بي مرتين، ولكن اذهب فأنت في حل. فقال: وأين المذهب عنك؟ ثم مضى فأحرق الديوان وقتل رياحاً في الحبس، ثم لحق محمداً بالثنية، فقاتل حتى قتل.