وقال زنجوية: سمعت محمد بن يحيى يقول: قد جعلت أحمد بن حنبل إمامًا فيما بيني وبين الله.
وقال محمد بن يحيى: سمعت علي بن عبد الله يقول: سمعت عبد الرحمن بن مهدي يقول: من برأ نفسه من الكذب فهو مجنون.
قال محمد بن صالح بن هانئ: حدثنا أبو بكر الجارودي قال: بلغني أن محمد بن يحيى كان يكتب في مجلس يحيى بن يحيى، فنظر علي بن سلمة اللبقي إلى حسن خطه وتقييده، فقال: يا بني أنا أنصحك؛ إن أبا زكريا يجذبك عن سفيان وهو حي بمكة، وعن وكيع وهو حي بالكوفة، وعن يحيى القطان وهو حي بالبصرة، فاخرج في طلب العلم. فعمل فيه قوله وتأهب للخروج على أصبهان، فلما قدمها أقام بها أيامًا يسيرة، وسمع من عبد الرحمن بن مهدي، والحسين بن حفص. ثم خرج إلى البصرة، وقد مات يحيى بن سعيد، فكتب عن أبي داود، وأكثر المقام بها حتى مات ابن عيينة، فدخل اليمن ولقي عبد الرزاق.
وقال الحسين بن الحسن: سمعت محمد بن يحيى يقول: ارتحلت ثلاث رحلات. وأنفقت على العلم مائة وخمسين ألفًا. ولما دخلت البصرة استقبلتني جنازة يحيى القطان على باب البلد.
وقال ابن خزيمة: حدثنا محمد بن يحيى الذهلي إمام عصره، أسكنه الله جنته مع محبيه.
وقال صالح جزرة: ما في الدنيا أحمق ممن يسأل عن محمد بن يحيى.
وقال أبو حامد بن السري: ما أخرجت خراسان مثل محمد بن يحيى.
وقال النسائي: ثقة مأمون.
وقال السلمي: سألت الدارقطني: من تقدم محمد بن يحيى أو عبد الله بن عبد الرحمن السمرقندي؟ قال: محمد بن يحيى. ومن أحب أن يعرف قصور علمه عن علم السلف، فلينظر في علل حديث الزهري لمحمد بن يحيى.
وقال أبو نصر الكلاباذي: روى عنه البخاري فقال مرة: حدثنا