وتحريفات كثيرة في أسماء المفسرين أو في ألفاظ التفسير، إضافة إلى السقط والنقص في بعض الآثار.
- إهمال تمييز بعض المفسرين المتشابهين في أسمائهم، خصوصًا عطاء ومقاتل وسفيان.
- وكان لنوع البرنامج الذي صُفّت به الموسوعة مزيد كلفة وجهد ونصب ووقت في مراجعتها وتصحيحها بعد الصف، حيث يقتضي البرنامج إعمال فنِّي الصف يده في معالجة النصوص خصوصًا ما يتعلق بإدراج الآيات القرآنية، مما استلزم منا إعادة مراجعة ذلك.
- وهكذا في كل لجنة من لجان الموسوعة؛ لا يخلو عملها من إشكالات، وقد تم -بحول اللَّه- التغلب على تلك الصعوبات، ومعالجة الإشكالات وحلها، بقدر الطاقة.
* آفاق الموسوعة:
هذه الموسوعة ليست نهاية المطاف في خدمة تفسير السلف، فإنه يُتطلّع إلى القيام بأعمال كثيرة انطلاقًا منها، ومن ذلك:
- مراجعة كتب التفسير غير المسندة وموازنة ما فيها من آثار عن السلف بما في الموسوعة.
- إفراد المعاني التفسيرية الزائدة على الدر المنثور للسيوطي.
- اختصار الموسوعة في مختصر باسم: مختصر تفسير السلف أو مختصر موسوعة التفسير المأثور.
- إصدار نسخة إلكترونية للموسوعة متصلة مع المصادر الأصلية كما في المكتبة الشاملة.
- الموازنة بين تفسير السلف وتفسير الخلف.
- صنع فهارس تحليلية لمسائل أصول التفسير في تفسير السلف.
- دراسات حول نسخ التفسير (أصولها - رواياتها - أسانيدها).
- تحقيق وإخراج مصادر تفسير السلف التي لم يُعتن بإخراجها، مثل تفسير مقاتل، وابن أبي حاتم.