وقد وضع منهج خاص لتخريج الأحاديث النبوية من المصادر الأصيلة ونقل حكم أئمة الحديث عليها كما سيأتي.
ومما تجدر الإشارة إليه أن محاولة ضبط الجودة في جميع الأعمال السابقة كان حاضرًا لدى اللجنة الإشرافية للموسوعة؛ لذا عيَّنت لكل قسم ولجنة مسؤولًا معنيًّا بذلك، لا يُعتمد العمل إلا بعد مراجعته وتعميده.
وبهذا تم نهج الموسوعة وتكامل عقدها، وسار العمل في تطبيق خططها المنهجية على قدم وساق، فيما يقارب عامين ونصف؛ من منتصف عام ١٤٣٣ هـ إلى نهاية عام ١٤٣٥ هـ، وهي مدة وجيزة موازنة بما تتطلبه ضخامة العمل ودقته، فقد بلغت مادة الموسوعة -بحمد اللَّه- ما يقارب ١٥٠٠٠ صفحة بمقاس ٤ A على ملفات word.
وبعد هذا جرى التعريف بالموسوعة وإنجاز مادتها؛ فظن البعض أنها تمت وقرب إصدارها، فكثر السؤال عن ذلك مما سبّب لنا حرجًا، إذ ما زال أمام الموسوعة مراحل كبرى مهمة، وهي المراجعة والتدقيق وشرح الغريب، ثم الصف والإخراج ومراجعته، ثم الفهرسة وأخيرًا الطباعة، وإجراء هذه الأعمال على هذه المادة الضخمة الكبيرة يستغرق مددًا طويلة.
* المرحلة الخامسة:
بعد إتمام مادة الموسوعة، رأينا أنها تستلزم مقدمة علمية ضافية تكون مدخلًا لها، يعرَّف فيها التفسير المأثور، وطبقات السلف، وتبين فيها أهمية تفسيرهم، ومنزلته في أصول التفسير وطرقه، ومصادره، كما يذكر فيها تاريخه ومراحل تدوينه، ويعرَّف فيها بالأئمَّةِ الخمسة، مع بيان طريقة تعاملِهم مع آثار السلف، ومستنداتهم في ذلك، هذا إضافة إلى بيان منهج المحدثين في نقد مرويات التفسير.
وقد عقد لذلك اجتماع في بداية عام ١٤٣٥ هـ، مع عدد من المتخصصين بإشراف الأستاذ الدكتور مساعد الطيار المشرف العلمي على الموسوعة، تم خلاله إقرار المباحث المذكورة وإحالة بحثها وتحريرها إلى بعض المتخصصين، ثم أضيف إليها لاحقًا مبحث متعلق بمفسري السلف وإحصاء آثارهم من خلال الموسوعة.