في عهد إسماعيل. واستمرت مديرية أسنا حتى سنة ١٨٨٧ وكان مركزها أسنا. ولما ازدادت الثورة المهدية في السودان وكادت تمتد إلى الحدود رأت الحكومة تحصين الحدود المصرية بقوة عسكرية وجعلت البلاد هناك تحت الأحكام العسكرية فصدر قرار مجلس الوزراء في ٢٦ أبريل سنة ١٨٨٨ بقسم مديرية أسنا إلى قسمين: الأول يشمل الجهات التي بين وادي حلفا وجبل السلسلة تتكون منه مديرية الحدود ومركزها أسوان. وأما الأقاليم شمالي جبل السلسلة فتضم إلى مديرية قنا وعلى ذلك ألغيت مديرية أسنا وتكونت مديرية الحدود من مراكز ادفو وأسوان وكرسكو (الآن الدر وحلفا) وضمت بقية البلاد إلى قنا واستمرت مديرية أسوان باسم مديرية الحدود إلى أوائل سنة ١٨٩٩ حينما تحددت الحدود بين مصر والسودان، وذلك أنه لما أعيد إخضاع السودان عمل اتفاق بين مصر وبريطانيا في ١٩ يناير ١٨٩٩ بأن يصبح السودان حكومة مصرية إنجليزية واصبح خط العرض ٢٢ شمالاً هو الحد الفاصل بين مصر والسودان وبناء على ذلك دخلت عشرة بلاد من قرى مصر العليا في حكومة السودان وهي: سرة شرق. فرس. جزيرة فرس. دبيرة. شرة عزب. اشكيت. ارقين. ادغيم. عنقش. دبروسة (وتعرف ألان بالتوفيقية) وبعد هذا التغيير أطلق على مديرية الحدود اسم مديرية أسوان ابتداء من سنة ١٨٩٩.