ويتفق المؤرخون على أن الطوسي كان قد شيد في مراغة حياة علمية خصبة بالإنتاج وشجع الفلاسفة والحكماء وكفل لهم أرزاقهم؛ وكان يتعصب للفيلسوف ابن سينا ويرد عنه هجمات خصومه: قال الصفدي: وشرح الطوسي إشارات ابن سينا ورد في شرحه على الإمام فخر الدين الرازي وما قاله في شرحه القديم وقد قال هذا به جرح، وما هو بشرح.
وقال عن شرحه أنه ألفه في عشرين سنة وناقض فخر الدين كثيرا.
وقال المؤرخ الفقيه أبو الفلاح عبد الحي بن العماد الحنبلي المتوفى سنة ١٠٨٩هـ في كتابه شذرات الذهب الجزء الخامس: وفي سنة ٦٧٢هـ توفي أبو عبد الله نصير الدين محمد بن حسن وكان رأسا في علم الأوائل ذا منزلة من هولاكو. وقال العلامة شمس الدين بن القيم في كتابه (إغاثة اللهفان من مكايد الشيطان) ما لفظه: لما انتهت النوبة إلى نصير الشرك والإلحاد وزير الملاحده النصير الطوسي وزير هولاكو شفى نفسه من أتباع الرسول وأهل دينهم فعرضهم على السيف حتى شفى إخوانه من الملاحدة واشتفى هو فقتل الخليفة والقضاة والفقهاء والمحدثين واستبقى الفلاسفة والمنجمين والطبائعيين والسحرة ونقل أوقاف المدارس والمساجد والربط إليهم وجعلهم خاصته وأولياءه ونصر في كتبه قدم العالم وبطلان المعاد وإنكار صفات الرب جل جلاله من علمه وقدرته وحياته وسمعه وبصره واتخذ للملاحدة مدارس ورام جعل (إشارات) إمام الملحدين ابن سينا مكان القرآن فلم يقدر على ذلك، فقال هي قرآن الخواص وذلك قرآن العوام ورام تغيير الصلاة وجعلها صلاتين. فلم يتم له الأمر. وتعلم السحر في آخر الأمر فكان ساحرا يعبد الأصنام انتهى بلفظه.
وهذا تحامل غريب سنعرض عليك بعده إعجاب مفكري الغرب وكبار علمائه بالطوسي وما