فارق بديع الزمان نيسابور سنة ثلاث وثمانين وثلاثمائة. نعرف هذا من قوله وهو يمدح خلف بن احمد أن سنه خمس وعشرون سنة. وهو مولود سنة ثمان وخمسين. ثم هو يكتب من سرخس إلى الشيخ أبي الطيب سهل بن محمد فيذكر ان الخوارزمي كتب إلى الأمير يسأله ألا يقبله في حضرته ويذم الخوارزمي ويرد عليه دعواه الغلب في مناظرته، ويهدده بالعودة إلى مساجلته. والخوارزمي مات في رمضان سنة ثلاث وثمانين
ويفهم من هذه الرسالة انه ذهب إلى مرو كذلك، يقول عن الخوارزمي، ان اللسان الذي اخرس لسانه، والبنان الذي انبس بيانه، لم تكسبهما مرد مجادة، ولا كستهما سرخس بلاده. وهما معي لم يفارقاني:
ولم يسم الأمير الذي نزل بحضرته في سرخس، والظاهر انه أحد أمراء السامانية. وقد اكرم الأمير مثواه كما قال في آخر الرسالة نفسها عن الخوارزمي:(وإما مسألة الأمير ألا يخرطني في سلكه ولا يمكنني من بساط ملكه فقد شملتني على رغمه أطراف النعم، وبلتني سحائب الهمم، وللراغم التراب، وللحاسد الحائط والباب) وفي سنة ثلاثة وثمانين مات الخوارزمي! يقول الثعالبي (وأجاب الخوارزمي داعي ربه فخلا الجو للهمذاني، وتصرفت به أحوال جميلة، وأسفار كثيرة)
وفي رسائل بديع الزمان رسالة كتبها إلى من هنأه بمرض الخوارزمي يقول فيها:(فكيف يشمت بالمحنة من لا يامنها في نفسه، ولا يعدمها في جنسه، والشامت إن افلت، فليس يفوت) وفي ديوانه قصيدة يرثى بها الخوارزمي ويرد على من قال: (قد خلا الجو للهمذاني) يقول فيها: