بناها بجهة الحلمية، وصار يصرف الاستحقاقات في أوقاتها، وسئل في رياسة الخدمة بالمسجد الحسيني فقال إن كانت النقابة تمنعني من خدمة سيدنا الحسين لا أقبلها فأبقي كما كان وأقام المترجم في النقابة نحو ثماني سنوات يجدد من معالمها، ويحيي ما درس منها، حتى نقل منها شيخاً إلى الأزهر، وكان سبب ذلك أن الخديو انحرف عن شيخ الأزهر الشيخ سليم البشري وانتهى الأمر باستقالته يوم الأحد ٢ ذي الحجة سنة ١٣٢٠، وأراد الخديو إعادة الشيخ حسونه النواوى أو تنصيب الشيخ محمد بخيت المطيعي فلم يوافق النظار على ذلك، فرشح الشيخ احمد الرفاعي المالكي وأعلمه بذلك، وكادت تتم له لولا عوارض اعترضت، ثم سعى الشيخ على يوسفاحبحيفة المؤيد ومن اكبر المقربين من الخديو للشيخ أمين المهدى بن العلامة محمد المهدي العباسي فرد عليه بأنه لا يصلح لخموله وعدم توليته أموراً قبل الآن، فأجاب بأنه وان كان كذلك فهو من بيت علم وغنى، تربى في نعمة فلا تطمح نفسه لشيء مما في الأيدي، وتدربه على الأمور قريب مدرك فرضي الخديو به، ولكن النظار لم يوافقوه عليه لأمور نقمها عليه ناظر الحقانية مدة ما أقامه عضواً بالمجلس الحسبي فحار الخديو وحنق، وطلب دفتر أسماء العلماء فوقع نظره على أسم المترجم فارتفضاه وجنح إلى توليته، ولم يكن قد خطر على بال أحد، وساعد الشيخ على يوسف على ذلك ليتمكن من رد السيد محمد توفيق البكري إلى النقابة فتم له الأمر ورضى به النظار وأعيد البكري إلى النقابة مضافة إلى ما بيده من رياسة الطرق الصوفية وصدر الأمر في ٢ ذي الحجة بإقالة الشيخ سليم من الأزهر وتنصيب المترجم، فلما ذهب لشكر الخديو كالعادة استصحب معه ولده الأصغر السيد محموداً والتمس إقامته شيخاً على السجد الحسيني بدله، كما أقيم أخوه الأكبر السيد محمد قبل خطيباً له فقبل ملتمسه وأجيبت رغبته.
وكان الخديرو ذلك الحين منحرفاً عن الشيخ محمد عبده مفتى مصر والعضو بمجلس إدارة الأزهر وصاحب الكلمة العليا فيه، فكان يظن أن المترجم يوافقه في معاكسة الشيخ ومعارضته وعرقلة مساعيه، فأخطأ ظنه، لأن المترجم مال للشيخ كل الميل ووافقه في كل مشروع، واتحد به واندرج فيه حتى لم يكن له من الرياسة غير رسومها، والكلمة كلمة الفتي، وعوتب في ذلك من أحد المقربين فاعتذر بأن الرجل لا يريد غير الإصلاح فلا