يرى وجهاً لعارضته، فكان ذلك سببا لميل الخديو عنه بعد إقباله عليه، وضعف المفتي عن معاندة الخديو ولم يجد من الإنكليز المساعدة التي كان يرتكن عليها فعزم على نفض يده من الأزهر، ورأى المترجم أن الأمور لا تجري على مرغوبه فاستقال من الأزهر يوم الثلاثاء ٩ المحرم سنة ١٣٢٣ فأقيل يوم السبت ١٢ منه وأقيم بدله الشيخ عبد الرحمن الشربيني الشافعي واستقال أيضا المفتي من مجلس الإدارة مرغماً.
* * * * * * * * * * * * * * * * *
وأقام بعد ذلك المترجم بداره التي بجهة المناصرة بعد أن رتب له الخديو خمسة وعشرين ديناراُ مصريا من الأوقاف الخيرية تصرف له كل شهر، هي مواظبا على كثرة تلاوة القران كعادته، مقبلا علىالعبادة حتى ازداد به المرض سنة ١٣٢٣، وتوفاه الله في غروب يوم الجمعة الثالث من ذي القعدة من تلك السنة فشيعت جنازته بعد عصر يوم السبت وصلى عليه بالمسجد الحسينى وطيف به حول المقام كوصيته، ثم دفن بقرافة المجاورين في بستان العلماء رحمه الله رحمة واسعة. وله من المؤلفات رسالة اسمها الأنوار الحسينية على رسالة المسلسل الأميرية، ورسالة فيما يتعلق بليلة النصف من شعبان، ولده السيد محمود تعليق عليها سماه عروس العرفان في الحث على ترك البدع وشوائب النقصان على الرسالة الببلاوية المتعلقة بليلة النصف من شعبان.
وأعقب المترجم من االذكور ولدين كبيرهما السيد محمد الببلاوى سس له والده حين انفصاله من نظارة دار الكتب فجعل مغيراً بها ثم جعل وكيلا لها وخطيبا للمسجد الحسينى ونال درجة العالمية الثانية بالأزهر، ثم جعل بعد ذلك نقيبا للأشراف. والآخر السيد محمود جعل شيخا للمسجد الحسينى لما أقيم والده شيخا للأزهر ثم جعل بعد ذلك شيخا للمسجد الزينبى.