ففي ١٩٣٩ قامت الحرب العالمية الثانية وتحرج مركز إنجلترا وطلبت من الهنود الإخلاد إلى السكينة وترك قضية التقسيم جانبا حتى تنتهي الحرب، ولكن القائد الأعظم محمد علي جناح قال: إننا نوافق على الهدنة في كفاحنا السياسي إذا رضيت بريطانيا بشرطين:
١ - أن تعلن الحكومة البريطانية إعلاناً صريحاً بأنها لا تتبنى دستوراً لحكم الهند في زمن الحرب أو بعد الحرب من غير موافقة سابقة من جانب المسلمين
٢ - أن يكون للمسلمين نصيب مساو لنصيب غيرهم من السيادة وفي مراقبة أمور الحكومة المركزية والحكومات الإقليمية
وقد رضيت إنجلترا بذلك ووافقت عليه وأعلنت في ١٩٤٠ أنها لن توجد في الهند شكلا من أشكال الحكم لا ترضى عنه عناصر كثيرة العدد قوية الأثر
قبل المسلمون هذا التصريح ولكن الهندوس رفضوه وقاموا بحركة عصيان ضد إنجلترا ولكنها فشلت لعدم اشتراك المسلمين فيها
وفي عام ١٩٤٤ اجتمع غاندي بمحمد علي جناح في بومباي وحاول أن يتفق معه على عدم تقسيم الهند، ولكن محمد علي جناح رفض رأي غاندي لأنه كان ضد رغبة المسلمين. وربما يبدو هذا الموقف غير سليم أمام من ينتصرون للقومية، ولكن أمام هؤلاء أضع الحادث التالي على سبيل المثال: في عام ١٩٤٧ كان يسكن بلدة أمتسار خمسمائة ألف نسمة منهم مائتا ألف مسلم وفي يومين أثنين قضى الهندوس على هذا العدد الضخم بالقتل والذبح والتشريد. كيف يمكن مع مثل هذا أن يطمئن المسلمون على أنفسهم؟ إن السبيل الوحيد هو إقامة دولة إسلامية مستقلة
وانتهت الحرب العالمية الثانية سنة ١٩٤٥ وبدأت إنجلترا تعالج مشكلة الهند. وفي أوائل ١٩٤٦ أجريت الانتخابات في الهند وقد نجح أعضاء حزب الرابطة الإسلامية في إحراز المقاعد الثلاثين المخصصة للمسلمين في المجلس التشريعي المركزي، وهؤلاء هم أنصار قضية الباكستان. وأصبح واضحا تماما أنه لا يمكن إغفال رغبات مائة مليون من السكان
واعترافا بالأمر الواقع قرر البرلمان البريطاني في ١٩٤٧ ما يأتي:
(ابتداء من الخامس عشر من أغسطس عام ١٩٤٧ يقوم في الهند حكومتان باسم الهند