وكان جمرك الإسكندرية في يد مراد بك. . يولي عليه من يشاء. . ويعزل من يشاء. . نظير إيراد معلوم.
فلما كبر السيد محمد كريم، ونما عوده، اشتغل قبانيا وكان مشهورا بالصدق والأمانة، والنشاط وخفة الحركة. . ولذلك سرعان ما عرف اسمه. . وذاع صيته. . حتى سمع به مراد بك. . حاكم مصر. . . وزعيم طائفة من أكبر طوائف المماليك. . فعينه مديراً للجمارك. . ثم حاكما عاما لمدينة الإسكندرية. . وقد استطاع السيد محمد كريم - بعد أن تسلم مهام منصبه الجديد - أن يحكم البلاد بحكمة وحزم. . وأن يعامل الأهالي معاملة طيبة. . ولذلك احترمه الناس وأحبوه.
وفي شهر يونيه سنة ١٧٩٨م. . وصلت الأخبار إلى أهالي الإسكندرية. . بأن حملة أوربية تعتزم احتلال مصر.
وكان المصريون في ذلك الوقت. . لا يزالون يحملون في أنفسهم تلك العقيدة المتوارثة عن عظمة السلطان. . وقوة المسلمين.
ولذلك عقدوا العزم على محاربة الجيش الأجنبي، والوقوف في وجهه. . مهما بلغت قوته.
ومن سوء الحظ أن وصل الأسطول الإنجليزي الذي كان يتعقب الفرنسيين - إلى ميناء الإسكندرية قبل وصول الحملة بأيام. . وحاول نلسن قائد الأسطول البقاء في مياه الإسكندرية في انتظار الحملة الفرنسية. . وعرض على السيد محمد كريم أن يسمح بإمدادهم بالماء والمؤونة اللازمة لمقامهم. . لكن الحاكم رفض طلبه. قال الأستاذ عبد الرحمن الرافعي:
(ولعل السبب في رفضه أنه أساء الظن في مقاصد الأميرال نلسن لأن الإشاعات التي كان الناس يخوضون فيها ذلك الحين، تنبئ أن (الإفرنج) يعتزمون احتلال مصر. . وكلمة (إفرنج) كانت تتناول الفرنسيين والأوربيين على السواء. . فخشي أن يكون طلب الأميرال نلسن خدعة لها صلة بالحملة المقبلة).
ولم يكتف السيد محمد كريم بالرفض، وإنما أعطاهم مهلة قصيرة لكي يبرحوا المياه المصرية، وإلا أطلق عليهم النيران.