مات عمر شيخ سنة ٨٩٩هـ فورث ابنه بابر ملك فرغانة، وهي ولاية على نهر سيحون وكانت سنه إذ ذاك اثنتي عشرة سنة
ومن الممتع أن نقرأ في بابر نامه الفصل الأول الذي يفتتحه بابر بقوله:
(في شهر رمضان من سنة ٨٩٩ وفي الثانية عشرة من عمري صرت ملكاً على فرغانة وهي من الإقليم الخامس من طرف المعمورة تحدها كشغر من الشرق وسمرقند من الغرب وجبال تبرخشان من الجنوب، وكان في شمالها مدن عظيمة. (ثم يفيض في ذكر مدن فرغانة وأنهارها وحيوانها ونباتها)
لم يكن ملك فرغانة مسيراً لبابر، فقد مرت عليه أحداث عظيمة لم يستقر فيها ملكه إلى أن أخرج منه طريداً بعد عشر سنين من موت أبيه
طمع أعمامه في ملكه أول الأمر وحاولوا أن يغصبوه عرش فرغانة، فلم يبلغوا ما أملوا
يقول بابر:(لما توفي عمر شيخ مرزا فجأة كنت في جهارباغ في أندجان
(ويوم الثلاثاء ١٥ رمضان جاء الخبر مدينة أندجان فركبت جوادي على عجل وصرت إلى القلعة فيمن كانوا في خدمتي فلما بلغت باب مرزا أمسك (شيريم قفاي) بعنان الفرس، وصار إلى المصلى (نمازكاه) وكان قد خشي أن يأتي السلطان أحمد مرزا في جيوشه الكثيرة فيسلمني الأمراء إليه مع المملكة، وأراد أن يذهب بي إلى أزكند على سفح جبل آلاتاغ، فإذا سّلم الأمراء الولاية للسلطان أحمد نجوت أنا وذهبت إلى آلاجه خان أو السلطان محمود خان من إخواني)
كان هم بابر منذ ورث ملك فرغانة أن يستولي على سمرقند ليكون خليفة جده تيمور في دار ملكه. فما زال حتى فتح سمرقند سنة ٩٠٣هـ (١٤٩٧م) ثم ثار بعض الكبراء في فرغانة فأخر جوها من سلطانه، فخرج ليردها إلى حكمه فخذلته جيوشه ففقد سمرقند أيضاً ولكنه استطاع أن يسترد فرغانة وسمرقند بعد جهاد ومحن
ولم يستقر له الأمر طويلاً فقد أخرجه الأزبك من سمرقند، وفرغانة معاً سنة ٩٠٦هـ فبقي بابر سنين ثلاثاً يطوف في البلاد ويحاول استرجاع ملكه؛ وهو يحدث أنه هزم مرة ففر في ثمانية من أنصاره وتعقبهم العدو وأعيت الخيل، فتخلف بعض رفاقه، وبقي معه اثنان، فلما