وكما يحدثنا ابن الفوطي في كتابه (الحوادثالجامعة) أن الطوسي استمر مدى حياته يجمع لمكتبة المراغة الكتب، فقد نقل أن الطوسي ورد بغداد عام ٦٦٢هـ وجمع من العراق كتبا كثيرة لأجل المرصد الذي وضعه بمراغة عام ٦٥٧ هـ وعين فيه جماعة يتولون عمله إلى أن أنجز سنة ٦٧٢ (راجع حوادث سنة ٦٧٥ من كتاب الحوادث الجامعة والتجارب النافعة في المائة السابقة لابن الفوطي)
وابن الفوطي هذا هو أمين مكتبة مراغة. قال العزاوي في كتابه (العراق بين احتلالين) نقلا عن شذرات الذهب في أخبار من ذهب لابن العماد الحنبلي: إن ابن الفوطي صاحب الكتاب المعروف (الحوادث الجامعة) أسر في واقعة بغداد وخلصه النصير الطوسي الفيلسوف وزير الملاحدة فلازمه واخذ عنه علوم الأوائل وبرع في الفلسفة وغيرها وأمده بكتابة الزيج وغيره من علم النجوم واشتغل على غيره في اللغة والأدب حتى برع ومهر في التاريخ والشعر وأيام الناس، وأقام بمراغة مدة ولى بها كتب الرصد بضع عشرة سنة وظفر بها بكتب نفيسة وحصل من التواريخ ما لا يزيد عليه. وفي الوقت الذي يثني فيه بعض المؤرخين على جهود الطوسي في جمع تلك الكتب من التلف ولم شتاتها في مكتبة مراغة كما ترى العزاوي يقول في ترجمة الطوسي ص٢٧٨ وهنا تقول إن أعمال هذا الرجل مصروفه إلى مناصرة العلماء والحكماء وأنه حينما ورد بغداد عام ٦٦٢هـ تصفح أحوال بغداد ونظر أمر الوقوف والبحث عن الإجناد والمماليك، وفي هذه المرة جمع من العراق كتبا كثيرة لأجل المرصد الذي وضعه بمراغة فها أنت تراه يشايع ابن الفوطي في أن تكوين مكتبة مراغة ورفع قواعدها وجمع الكتب لها كان من عمل الطوسي وأن الأستاذ محمد كرد علي في كتابه (الإسلام والحضارة العربية) ج١ص٣٠٢ بعد أن يعرض مأساة سقوط بغداد بصورة مؤلمة ويستعرض نهب نفائس دار الخلافة العباسية يذكر من ذلك نهب مكتبات بغداد وغيرها قال: (وبينما كانت في هذا الشرق القريب كتلة صغيرة تدافع الصليبيين عن سرة بلاد الإسلام مصر والشام فتخرب مدن وحصون وتندك معالم كان جنكيز يخرب في أواسط آسيا بلاد المسلمين. ولم تكد تدفع الشام عنها عادية الحروب الصليبية حتى جاء هولاكو بغداد يخربها ويقتل الخليفة المستعصم ويقضي على جلة الفقهاء ورجال الدولة بضع السيف في دار السلام أربعين يوما ويستخرج الأموال والتحف بأنواع