ولما علم الجنرال (كليبر) بما لاقته الكتيبة من مقاومة ومشقة، أراد أن يقضي على حركة المقاومة - ويقوم بعمل حاسميستعيد به هيبة الجيش الفرنسي، ويسترجع مكانته في نفوس الشعب، فأمر بالقبض على (السيد محمد كريم) وبعث به إلى أبي قير، تمهيداً لتوصيله إلى القاهرة، حيث يقابل نابليون، ويدفع عن نفسه التهم الموجهة إليه، وفي نفس الوقت، أرسل الجنرال كليبر كتاباً إلى نابليون يعرض فيه أمر السيد محمد كريم، ويطلب منه ألا يأمر بعودته إلى الإسكندرية حتى لا تعظم مكانته ويستفحل أمره - ويزداد نفوذه في نفوس الأهالي
وقد مكث (السيد محمد) في أبي قير أياماً. . طلب بعدها من الأميرال (بردي) قائد الأسطول أن يأمر بتوصيله إلى القاهرة. فأرسله الأميرال بدوره إلى رشيد. . ليبعث به الجنرال مينو إلى القاهرة. . .
ومما هو جدير بالذكر. . أن (السيد محمد كريم) على الرغم من أن دائرة حكمه لم تكن تتعدى الإسكندرية. . إلا أن شهرته قد انتشرت في جميع أجزاء مصر. . وأصبح المصريون - على اختلاف طبقاتهم - ينظرون إليه على اعتباره محور المقاومة للنظام الجديد. . وعلى اعتباره زعيمهم المعبر عن أمانيهم. . والمفصح عن آمالهم. . .
يقول الأستاذ عبد الرحمن الرافعي:
(وصل السيد محمد كريم. . إلى رشيد. . مطلق السراح، وكانت منزلته من نفوس المصريين قد عظمت بسبب اعتقاله. . وانتشرت محبته في كل مكان. . فلم يكد يعلم أهالي رشيد بمقدمه حتى سارعوا إلى ملاقاته بالحفاوة والتكريم. . ما اضطر الجنرال مينو إلى القبض عليه. . والإسراع بإرساله إلى مصر. . .)
وما كان السيد محمد كريم يصل إلى مصر. . حتى أصدر نابليون أوامره إلى الجنرال (ديبوي) حاكم القاهرة: بالتحقيق معه. . كما طلب منه أن يحاول إثبات التهمة عليه بمختلف الوسائل
ولم تكن هناك حاجة إلى التحقيق، فسرعان ما انتهى بثبوت التهمة عليه. . وإعلان خيانته للجمهورية الفرنسية